Les sédiments non contaminés ne posent pas de problèmes particuliers quant à leurs effets sur l'environnement et sont dans certains cas utilisés pour la création de zones humides, l'engraissement de plages en cours d'érosion ou la construction de routes. En revanche, le dragage et le rejet de matériaux contaminés posent un certain nombre de question concernant : leurs effets sur la qualité physicochimique des eaux, le devenir des substances toxiques pour les organismes vivants. Le phénomène le plus visible est l'augmentation localisé et temporaire de la turbidité au voisinage de la drague ou du site de dépôt. La majorité des études portant sur les effets de la turbidité sur les organismes vivants montrent que, dans la plupart des cas, les phénomènes naturels ont des impacts plus importants que ceux provoqués par des rejets de dragage. Les organismes benthiques, qui vivent en étroite liaison avec le fond, sont particulièrement exposés aux effets directs provoquant la destruction des habitats et l'enfouissement des espèces qui y vivent. Les suspensivores sont les espèces les plus résistantes, se nourrissant à l'aide d'un siphon, elles peuvent survivre à un recouvrement de plus de 50 cm.

Quelques exemples d'impacts sur le benthos

L'estuaire de la Seine
En augmentant l'effet de chasse, les travaux d'endigage ont fortement modifié les processus sédimentaires à l'intérieur de l'estuaire et, par conséquent, la nature et la distribution des biocénoses estuariennes. On a globalement assisté à un déplacement de tout le système estuarien vers l'aval.

Le terminal d'Antifer
La construction de la digue de 3,5 km de long a contribué à l'augmentation locale de la biodiversité. Il a été notamment remarqué une augmentation significative des prises de homards. Par contre, les communautés benthiques ont souffert des opérations de dragage et de rejet de boues. Cependant, ces effets ont été transitoires puisque trois ans après l'achèvement des travaux (1978), la densité des individus dans le peuplement à Abra alba - Pectinaria koreni était redevenue comparable à la situation antérieure.

La baie de Santander
Les dragages ont entraîné la destruction complète de la macrofaune dans la zone draguée : les polychètes dépositivores de surface Chaetozone setosa et Polycirrus pallidus, et les dépositivores de subsurface Mediomastus fragilis et Notomastus latericeus, étant particulièrement sensibles. Dès la fin des opérations, il a été constaté une augmentation rapide de la densité de la macrofaune, dominée essentiellement par des espèces tolérantes et opportunistes.