La contamination microbiologique du milieu littoral est liée aux apports de diverses origines parmi lesquels les rejets anthropiques urbains et agricoles. La qualité du milieu qui en résulte va conditionner les activités littorales. En effet, la présence, dans les eaux, de contaminants et en particulier de micro-organismes pathogènes pour l'homme peut constituer un risque sanitaire lors de la baignade ou de la consommation de coquillages.

Les communes littorales sont maintenant largement équipées de structures d'épuration qui éliminent en partie la charge microbienne contenue dans les eaux usées. Le reste de ces micro-organismes est rejeté avec les eaux épurées dans l'environnement. L'Ifremer dispose du réseau de contrôle microbiologique (REMI) pour mesurer la contamination bactérienne d'origine fécale du littoral.

Les coquillages, organismes pouvant filtrer jusqu'à 5 litres d'eau par heure, concentrent les micro-organismes et peuvent être à l'origine de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) : environ 3% des TIAC déclarées en France seraient dues à la consommation de coquillages contaminés. Ce fut notamment le cas lors d'une épidémie de gastro-entérites survenue lors d'un congrès rassemblant près de 700 personnes à Poitiers en 1997. Cent vingt personnes ayant consommé des huîtres ont été malades et une souche de norovirus a été isolée dans les selles de malades ainsi que dans les coquillages. A l'étranger, c'est en Chine qu'a eu lieu la plus grosse épidémie : en 1988, près de 300 000 personnes ont développé une hépatite A à la suite de la consommation de palourdes contaminées. Les bactéries peuvent également être mises en cause comme en Italie, en 1984, des praires contaminées par des salmonelles ont été à l'origine d'une cinquantaine de cas de gastro-entérite.

Pierre Le Cann, Michèle Gourmelon coordonnateurs.