En raison de la faible quantité de pathogènes, du nombre élevé d'espèces différentes, de la fréquence et de la difficulté de leur détection dans l'environnement, il est apparu nécessaire de définir un indicateur de contamination fécale. La communauté scientifique a porté son choix sur Escherichia coli. Cet indicateur doit :

• indiquer la présence de germes pathogènes,

• être en plus grand nombre que les pathogènes,

• ne pas se multiplier dans l'environnement,

• avoir une résistance similaire aux pathogènes,

• être mis en évidence par des techniques rapides, simples, fiables et peu onéreuses.

La définition d'un indicateur de contamination fécale a permis de mettre en place une réglementation concernant les activités conchylicoles et de loisirs (baignade, pêche à pied).