La directive européenne 91/492/CEE du 15 juillet 1991 a mis en place des critères de classification des eaux conchylicoles basés sur la concentration en Escherichia coli dans 100 g de chair de coquillage et de liquide intervalvaire (CLI). Cette directive a été transposée en droit français par le décret d'application 94/340 du 28 avril 1994, et l'arrêté du 21 mai 1999 relatif au classement de salubrité et à la surveillance des zones de production.

Le classement des zones conchylicoles (élevage et gisements naturels), effectué par le préfet, est basé sur les résultats des analyses réalisées par l'Ifremer dans le cadre du réseau REMI, en surveillance régulière, ou d'études de zones.

Il existe un système d'alerte qui est déclenché dès qu'une valeur est supérieure au seuil de la classe considérée ou s'il y a un risque de dépassement dans les cas d'orages, de fortes pluies, de débordements de station d'épuration ou si une intoxication avec coquillages est présumée ou vérifiée. Les services préfectoraux sont alertés et la cadence des prélèvements passe alors à un rythme hebdomadaire.

En France, 491 zones conchylicoles sont classées au 1er janvier 2002 : 39 % sont classées en A, 44 % en B et 15 % en C. La production (225 000 tonnes de coquillages en 1998) a été réalisée à 68 % en zone A, 30 % en zone B et 2 % en zone C.