Ces bactéries et virus, en arrivant sur le littoral, vont être plus ou moins dilués selon les conditions hydrodynamiques rencontrées : dilution importante lors d'un rejet au niveau d'une zone ouverte et dilution faible dans le cas d'un milieu aux eaux peu renouvelées.

Une partie importante de ces micro-organismes est associée à des particules. Ils vont sédimenter et se retrouver sur les fonds vaseux plus propices à leur survie. Ils pourront être éventuellement remis en suspension lors des marées, des tempêtes ou des opérations de dragage (ou de désenvasement des zones portuaires) et éventuellement contaminer les coquillages à proximité. Les eaux marines constituent un milieu défavorable pour ces bactéries et virus. Ils vont subir les conditions stressantes de cet environnement : la salinité, la lumière solaire, l'effet de la prédation et de la température. Les bactéries vont, de plus, être sensibles à la compétition avec les bactéries naturellement présentes dans ce milieu et le manque de nutriment. Les virus se comportent dans les eaux marines comme des particules inertes. Les bactéries, quant à elles, peuvent avoir quelques activités métaboliques et tenter de s'adapter à ces conditions défavorables. Toutefois, elles vont évoluer plus ou moins rapidement vers un stade viable non cultivable c'est à dire qu'elles ne seront plus détectées par les techniques d'analyse de routine mais pourront éventuellement conserver une activité pathogène.

Le devenir des micro-organismes d'origine fécale dans le milieu marin est généralement évaluée par le T90, soit le temps nécessaire pour que 90 % d'entre eux ne soient plus détectés par technique classique. Ce paramètre permet ainsi de comparer leur décroissance dans des sites très différents. Il va varier, de façon sensible, selon l'espèce et l'état du micro-organisme et selon les conditions environnementales rencontrées. La lumière solaire est souvent un des facteurs ayant le plus d'impact sur cette décroissance.