Au-delà des substances surveillées classiquement (métaux, organochlorés, pesticides, hydrocarbures), une préoccupation de plus en plus sensible se fait jour sur les éventuels effets de nombreuses autres substances chimiques que l’on retrouve pour les usages domestiques ou comme produits cosmétiques ou pharmaceutiques (antibiotiques, hormones, stéroïdes). Ces substances peuvent être qualifiées comme contaminants émergents compte tenu de l’absence de données dans les milieux aquatiques les concernant, du fait des difficultés analytiques pour mesurer leur présence à de faibles concentrations. Par ailleurs, pour un grand nombre de ces substances, les effets potentiels sur les écosystèmes aquatiques sont très peu connus. A titre d’exemple, un travail réalisé récemment aux Etats-Unis sur 139 cours d’eau a montré que les substances les plus fréquemment retrouvées sont des stéroïdes, des médicaments soumis ou non à des prescriptions médicales (antibiotiques, hormones), les produits de dégradation de détergents non ioniques (composés du nonyl- et octyl-phénol), des désinfectants, des phtalates, des retardateurs de flamme, des antioxydants, des parfums. Trois groupes de substances dominent : les produits de dégradation des détergents, les phtalates et les stéroïdes. Le tiers des substances identifiées sont connues ou suspectées pour avoir des effets sur les fonctions endocrines. Les résultats de cette étude montrent que de nombreuses substances ne sont pas détruites par le traitement des stations d’épuration et persistent dans les milieux aquatiques. Des travaux exploratoires sont actuellement menés dans les estuaires français par l'université de Bordeaux.