Thématiques suivies
Phytoplancton et hydrologie
Depuis plusieurs dizaines d’années les mers côtières sont affectées par des proliférations de micro-algues, constituant le phytoplancton, qualifiés de toxiques et/ou nuisibles car elles sont associées à des intoxications humaines (par consommation de coquillages, de poissons, ou par contact ou par respiration d'aérosols), des mortalités d’organismes marins (ichtyotoxique) ou des modifications significatives des écosystèmes (eutrophisation par prolifération excessive).
Depuis la fin des années 1970, l'Ifremer met en œuvre des réseaux d'observation et de surveillance du phytoplancton. L’objectif principal est la connaissance de la composition du phytoplancton marin des eaux côtières et lagunaires pour des questions environnementales mais aussi pour la protection des populations.
L’acquisition simultanée de paramètres physico-chimiques permet de caractériser et de comprendre les processus gouvernant les écosystèmes côtiers.
En métropole, la mise en œuvre opérationnelle repose sur neuf Laboratoires Environnement Ressources de l’Ifremer implantés sur douze sites répartis sur tout le littoral. Des réseaux de surveillance du même type sont aussi développés dans les régions Antilles, Guyane et Océan indien.
Chaque implantation assure pour sa zone littorale de compétence, la mise en œuvre des prélèvements d’eau, des mesures in situ (température, salinité, Oxygène dissous et turbidité), des observations du phytoplancton (dénombrement de flore totale, indicatrice ou partielles) et des analyses chimiques (sels nutritifs dissous, pigments) .
La bancarisation de toutes les données est réalisée dans la base.
Contaminants chimiques et écotoxicologie
Les contaminants chimiques représentent un ensemble de plusieurs millions de substances différentes, naturellement présentes dans notre environnement ou artificiellement introduites par l’Homme. Parvenues dans l’environnement marin, elles peuvent avoir des effets sur les organismes vivants présents.
Depuis le début des années 1970, la qualité de l’environnement marin est devenue un sujet de préoccupation international et les autorités françaises ont décidé fin 1972 lors de la mise en place de programmes de surveillance pour connaître les niveaux de la contamination chimique sur le littoral. C’est dans ce contexte qu’a été créé le réseau d’observation de la contamination chimique ROCCH en 1974.
Il s’appuie sur l’analyse chimique des moules et les huîtres qui concentrent certains contaminants en se nourrissant ou de la surface vaseuse au fond capable de retenir les mêmes molécules chimiques.
Microbiologie
Le milieu littoral est soumis à de nombreuses sources de contamination microbiennes d’origine animale et humaine. En filtrant l’eau pour se nourrir, les coquillages peuvent concentrer les bactéries et les virus qui se trouvent dans l’eau et rendre malades ceux qui les consomment (gastro-entérites notamment).
Le réseau de surveillance microbiologique des zones de production de coquillages (REMI) créé en 1989, a pour mission de surveiller les niveaux de contamination microbienne des coquillages produits sur le littoral français (excepté en outre-mer). Cette surveillance de plus de 400 zones dans le milieu naturel se base sur un suivi de la concentration d’une bactérie dans les coquillages : Escherichia coli. La présence de cette bactérie est indicatrice d’une contamination fécale de l’eau par des eaux usées ou des déjections animales. Elle reflète ainsi le risque de contamination des coquillages, qui pourrait représenter un danger pour le consommateur.
La plupart des sites sont contrôlés une fois par mois, et des alertes peuvent également être déclenchées ponctuellement lorsqu’une contamination est mesurée dans les coquillages ou lorsqu’une pollution survient.
Suivi du cycle de vie de l'huitre
Sur le plan économique, l’ostréiculture est la première activité aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. D'un point de vue écologique, l’huître creuse est également une espèce ingénieur qui joue aussi un rôle essentiel en rendant de nombreux services à la Nature. Cette espèce et les espèces qui lui sont associées subissent directement les effets du changement climatique : changement de sa répartition spatiale, décalages de sa reproduction et défaut de recrutement, perturbations physiologiques et épisodes de mortalités.
Ce contexte de crise environnementale nécessite des moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer l’état général de santé des populations d’huîtres aux différentes phases du cycle de vie. Ces outils doivent permettre de mieux évaluer, sur le long terme, les risques biologiques encourus par la filière mais aussi par les habitats marins, notamment sous la contrainte croissante des changements climatique et anthropique.
Plus précisément, les objectifs du réseau ECOSCOPA sont :
- La constitution de séries biologiques uniques permettant d’analyser l’effet de l’environnement sur le cycle de vie de l'huître
- L'animation d'un socle opérationnel de suivis standardisés à l'échelle nationale
- L'identification des facteurs environnementaux clés dans la sensibilité de l’huître aux maladies infectieuses
- L'aide à la gestion et à l'adaptation de la filière ostréicole face aux changements et la recherche de Solutions fondées sur la Nature.
Déchets
Suivi des déchets dans l’environnement littoral. Les déchets peuvent se situer dans plusieurs compartiments qui font l’objet de suivis différents, distinguant ainsi plusieurs sous-thématiques :
- déchets sur les plages,
- déchets en mer en surface,
- déchets en mer sur le fond,
- microplastiques en mer,
- déchets ingérés par la faune.
Benthos
Le benthos regroupe l'ensemble des organismes vivants en relation étroite avec les fonds – on parle de faune et flore benthiques. Ces fonds peuvent être de plusieurs types : meuble (sédiment) ou dur (roche, corail, …) et être toujours immergés ou parfois émergés (estran).
Les écosystèmes benthiques, qui intègrent les caractéristiques écologiques locales et sont soumis aux fluctuations naturelles ou générées par les activités humaines, constituent des témoins permanents de l'état de l'environnement.
Cette thématique regroupe des données sur les écosystèmes, c’est-à-dire les habitats (données abiotiques) et les espèces qui y vivent (données biotiques) et de la côte à plusieurs dizaines de mètres sous la surface de l’eau.
Ces données sont obtenues par différents types de suivis : réseaux de surveillance & d’observation (série longue : plusieurs dizaines d’années) ou études environnementales et programmes de recherche (série courte : quelques jours à quelques mois voire années).
Les objectifs des suivis sont de recueillir et mettre en forme les données relatives à la distribution des habitats côtiers et au suivi de leur biodiversité faunistique et floristique, afin de mettre à disposition des scientifiques, des gestionnaires et du public un état des lieux pertinent et cohérent et d'en détecter les évolutions spatio-temporelles.
Pour la thématique « récifs coralliens » qui ne concernent que les écosystèmes tropicaux à ce jour, les données sont bancarisées via un applicatif dédié : BD Récif et peuvent ensuite remonter dans Quadrige.
Autres
L’acquisition de données sur les écosystèmes littoraux à des fins de surveillance, d’observation ou de recherche est organisée au travers d’un suivi faisant appel à une ou plusieurs thématiques (hydrologie, microbiologie, …).
Quand il y existe plusieurs thématiques au sein d’un même suivi, les données sont généralement intégrées dans autant de programme qu’il y a de thématique – elles sont bancarisées suivant le protocole « multiprogramme ».
Mais pour des raisons organisationnelles, dans une minorité de cas, il n’est pas toujours possible de procéder ainsi et il peut y avoir un programme avec plusieurs thématiques.
Dans cet outil de visualisation des données, ces programmes « multi thématiques » sont regroupés dans le thème « AUTRES » du fait de l’impossibilité technique de rattacher un programme à plusieurs thèmes (ex : suivi réalisé dans le cadre d’études d’impact à La Réunion).
Le thème « AUTRES » contient aussi des suivis entrant dans aucune des autres thématiques de regroupement identifiés au sein du SI Quadrige (ex : suivi des poissons des masses d’eau de transition).